আল্লামা আহমদ শফীর ইন্তেকালের এক দিন পর গতকাল হাটহাজারী মাদ্রাসার মজলিসে সুরার বৈঠকে সর্বসম্মতিক্রমে মাদ্রাসাটির সিনিয়র শিক্ষক ও হেফাজতে ইসলামের মহাসচিব আল্লামা জুনায়েদ বাবুনগরীকে শাইখুল হাদীস ও নাযেমে তালিমাত বা শিক্ষাসচিব মনোনীত করা হয়েছে। এছাড়া মাদ্রাসা পরিচালনার জন্য তিন সদস্যবিশিষ্ট মজলিসে আমেলা গঠন করা হয়েছে। তারা হলেন মুফতি আবদুস সালাম, মাওলানা শেখ আহমদ সাহেব ও মাওলানা ইয়াহইয়া। সিদ্ধান্তের ক্ষেত্রে তিন জনে মিলেই সিদ্ধান্ত নিবেন, এক জন বা দুই জনের কোনো সিদ্ধান্ত গ্রহণযোগ্য হবে না। এছাড়া হেফাজতে ইসলামের মহাসচিব আল্লামা জুনায়েদ বাবুনগরী জানিয়েছেন, আহমদ শফীর মৃত্যুর পর হেফাজতে ইসলামের পরবর্তী আমির কে হবেন তা কাউন্সিলের মাধ্যমে নির্ধারণ করা হবে। হাটহাজারী মাদ্রাসার পরিস্থিতি বর্তমানে স্বাভাবিক আছে বলেও জানান তিনি। জুনায়েদ বাবুনগরী বলেন, আল্লামা শাহ আহমদ শফীর মতো তো আর মানুষ পাওয়া যাবে না। আমার দায়িত্ব হলো এখন কাউন্সিল ডাকা। কাউন্সিল যে সিদ্ধান্ত নেবে ওটাই হবে।