একাত্তরের যুদ্ধাপরাধ মামলার রায়ের জন্য সৈয়দ মোহাম্মদ কায়সারকে আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনালে নেয়া হয়েছে। ঢাকা কেন্দ্রীয় কারাগারের একটি মাইক্রোবাসে করে মঙ্গলবার সকাল পৌনে নয়টার দিকে কায়সারকে পুরাতন হাই কোর্ট এলাকায় ট্রাইব্যুনালে নিয়ে যাওয়া হয়।
বাংলাদেশের মুক্তিযুদ্ধ চলাকালে এরশাদ সরকারের প্রতিমন্ত্রী সাবেক এই মুসলিম লীগ নেতার বিরুদ্ধে হত্যা, গণহত্যা, নির্যাতন, আটক, ধর্ষণ, মুক্তিপণ আদায়, অগ্নিসংযোগ ও ষড়যন্ত্রের মতো মানবতাবিরোধী অপরাধে ১৬টি ঘটনায় জড়িত থাকার অভিযোগ রয়েছে।