সিটি নির্বাচনে প্রার্থীদের লিখিত বিভিন্ন অভিযোগের তথ্য গোপন করেছিল নির্বাচন কমিশন (ইসি)। নির্বাচনের দিন সন্ধ্যায় প্রধান নির্বাচন কমিশনার (সিইসি) কাজী রকিবউদ্দীন আহমদ বলেছিলেন, ভোটকেন্দ্রে অনিয়ম, কেন্দ্র দখল বা জাল ভোটের বিষয়ে কোনো প্রার্থী লিখিত অভিযোগ করেননি। এমনকি নির্বাচন নিয়ে ভোট গ্রহণ কর্মকর্তা, এজেন্ট ও সাধারণ ভোটারদের কেউ অভিযোগ দেননি। কিন্তু নির্বাচন কমিশনের সংশ্লিষ্ট ডেস্কে দেখা গেছে, গত মঙ্গলবার নির্বাচনের দিন প্রথমে ঢাকা উত্তরের বিএনপি সমর্থিত প্রার্থী তাবিথ আউয়াল অনিয়মের একটি লিখিত অভিযোগ দিয়েছিলেন। পরে তিনি আরো ২০টি পৃথক লিখিত অভিযোগ দেন। ঢাকা দক্ষিণের বিএনপি সমর্থিত প্রার্থী মির্জা আব্বাসও পৃথকভাবে তিনটি অভিযোগ করেছিলেন। কাউন্সিলর প্রার্থীরাও রিটার্নিং অফিসারের কাছে নির্বাচন নিয়ে অসংখ্য লিখিত অভিযোগ দেন।
ঢাকা উত্তর সিটি করপোরেশনের ১১ নম্বর ওয়ার্ডের বিএনপি সমর্থিত প্রার্থী এ এল এম কাওছার আহম্মদের পক্ষ থেকে তার প্রস্তাবকারী আব্দুর রাজ্জাকের অভিযোগ, ‘এলাকায় সত্, শিক্ষিত ও ভদ্র মানুষ হিসেবে পরিচিত ৬৫ বছর বয়সী কাওছার আহম্মদ মনোনয়নপত্র জমা দেয়ার পর থেকেই মিরপুর থানার পুলিশ ও ডিবি পরিচয়ে তার বাসায় গিয়ে একদল লোক তাকে প্রার্থিতা প্রত্যাহার করে নেয়ার জন্য কয়েকবার হুমকি দেয়। এরপর তার বিরুদ্ধে মিথ্যা মামলা দিয়ে গত ১৬ এপ্রিল তাকে গ্রেফতার করে জেলে পাঠানো হয়। এরপরও ভোট গ্রহণের দিন সকাল থেকে কাওছার আহম্মদের রেডিও মার্কায় প্রচুর সংখ্যক ভোট পড়তে থাকে। কিন্তু বেলা ১২টার পর কুমড়া প্রতীকের (আওয়ামী লীগের বিদ্রোহী প্রার্থী) লোকজন এজেন্টদের বের করে দিয়ে জাল ভোট দিতে থাকে এবং পরে ভোট গণনাও বিলম্বিত করে। একইভাবে ঢাকা দক্ষিণ সিটির ৫৪ নম্বর ওয়ার্ডের দলের মনোনয়ন বঞ্চিত কাউন্সিলর প্রার্থী এবং মহানগর ছাত্রলীগের সাবেক জয়েন্ট সেক্রেটারি মোহাম্মদ মনির, ঢাকা দক্ষিণ সিটি করপোরেশনের ২১ নম্বর ওয়ার্ডের বিএনপি সমর্থিত কাউন্সিলর প্রার্থী খাজা হাবিবুল্লাহ হাবিব, ঢাকা উত্তর সিটি করপোরেশনের ৩৫ নম্বর ওয়ার্ডের কাউন্সিলর প্রার্থী রমনা থানা আওয়ামী লীগের সাধারণ সম্পাদক মোক্তার সরদার, ঢাকা উত্তর সিটির সংরক্ষিত ৭ নম্বর ওয়ার্ডের কাউন্সিলর প্রার্থী পেয়ারা মোস্তাফা, ঢাকা উত্তর সিটির ১৪ নম্বর ওয়ার্ডের কাউন্সিলর প্রার্থী রেজাউল হক ভূঁইয়া, ঢাকা দক্ষিণ সিটির ৫৪ নম্বর ওয়ার্ডের শরীফ মো. আলমগীর নির্বাচনে অনিয়মের অভিযোগ এনে কমিশনের কাছে প্রতিকার চেয়েছিলেন। দক্ষিণ সিটি করপোরেশনের ৩৪ ও ৪০ নং ওয়ার্ডে পুনঃ ভোটের দাবি জানিয়ে রিটার্নিং অফিসার বরাবর লিখিত আবেদন করেন প্রার্থীরা।