সম্প্রতি ট্রাইব্যুনালের প্রসিকিউটর মোহাম্মদ আলীর বিরুদ্ধে শৃঙ্খলা ও আচরণবিধি এবং পেশাগত অসদাচারণের অভিযোগ করেন স্বয়ং ট্রাইব্যুনালেরই চিফ প্রসিকিউটর অ্যাডভোকেট গোলাম আরিফ টিপু। ওই অভিযোগে গত ৪ ফেব্রুয়ারি মোহাম্মদ আলীকে ট্রাইব্যুনালের সব মামলা থেকে প্রত্যাহার করে নেয়া হয়। ওই আদেশে বলা হয়, ‘জনস্বার্থে’ তাঁকে সব মামলা থেকে প্রত্যাহার করা হলো। এরপরই তার বিরুদ্ধে ব্যবস্থা নেয়ার জন্য আইন মন্ত্রণালয়ে চিঠি পাঠান তিনি। ওই চিঠিতে বলা হয়, সম্প্রতি মোহাম্মদ আলী তার উপর ন্যাস্ত দায়িত্ব বরখেলাপ করে আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনালের একটি বিচারাধীন মামলার একজন আসামির পক্ষে জামিন প্রাপ্তির বিষয়ে অন্যায়ভাবে প্রভাব বিস্তারে রত হন। এর ফলে তিনি শৃঙ্খলা ও আচরণবিধি ভঙ্গ এবং পেশাগত অসদাচরণের গুরুতর অপরাধ করেছেন। ফলে নিয়োগকারী কর্তৃপক্ষ হিসেবে তার বিরুদ্ধে আনীত এসব অপরাধের অভিযোগে প্রয়োজনীয় পদক্ষেপ গ্রহন করা জরুরি। কারণ যুদ্ধাপরাধ ট্রাইব্যুনালের প্রসিকিউশনের ভাবমূর্তি সমুন্নত রাখার স্বার্থে ব্যবস্থা নেয়া হোক। চিফ প্রসিকিউটরের দেয়া এই চিঠির পরই আইন মন্ত্রণালয় মোহাম্মদ আলীকে বরখাস্ত করে ব্যবস্থা গ্রহন করল।