নোয়াখালী বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয়ের সাবেক ভিসি ড. এম অহিদুজ্জামানের বিরুদ্ধে শিক্ষক-কর্মকর্তা-কর্মচারী নিয়োগ-পদোন্নতিসহ নানা বিষয়ে দুর্নীতি, অনিয়ম ও জালিয়াতির অভিযোগে তদন্ত শুরু করেছে বিশ্ববিদ্যালয় মঞ্জুরি কমিশন (ইউজিসি)। অভিযোগ তদন্তে তিন সদস্যের একটি কমিটি গঠন করেছে ইউজিসি। উল্লেখ্য, ড. এম অহিদুজ্জামান ২০১৫ সালের ২ জুন থেকে ২০১৯ সালের ১ জুন পর্যন্ত চার বছর নোয়াখালী বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয়ের (নোবিপ্রবি) ভিসি হিসেবে দাযিত্ব পালনকালে ১১টি বিভাগ ও দুটি ইনিস্টিটিউটে ২৯৮ জন শিক্ষক, ২৫০ জন কর্মকর্তা-কর্মচারী নতুনভাবে নিয়োগ এবং দেড়শতাধিক শিক্ষক, কর্মকর্তা-কর্মচারীর পদোন্নতি প্রদান করেন। তিনি বিজ্ঞপ্তির পদের চাইতে অতিরিক্ত নিয়োগ প্রদান এবং অযোগ্য ব্যক্তি ও নিজের আত্মীয়-স্বজনকে চাকরি দেন বলে অভিযোগ রয়েছে। এছাড়া ড. এম অহিদুজ্জামানের বিরুদ্ধে আরো অনিয়ম ও কেলেঙ্কারির অভিযোগ রয়েছে।