নাব্যতা হারিয়ে শুকিয়ে যাচ্ছে মাগুরার নদীগুলো। ফলে এ সমস্ত নদীতে নৌ-যোগাযোগ বন্ধের উপক্রম হয়েছে। পাশাপাশি পর্যাপ্ত পানির অভাবে সেচ সংকটও দেখা দিয়েছে। জেলার উপর দিয়ে প্রবাহিত প্রমত্তা মধুমতি, গড়াই, হানু, নবগঙ্গা, ফটকি, চিত্রা ও কুমার নদী এখন মৃতপ্রায়। নদীগুলোর বুকে জেগে উঠেছে বড় বড় চর। সংস্কার না করায় তলদেশ ও দু’পাড় ভরাট হয়ে প্রস্থতা ও গভীরতা কমে এসব নদী পরিণত হয়েছে খালে। হারিয়ে গেছে হানু নদী। ফলে এ নদী-তীরবর্তী প্রায় ১০ হাজার হেক্টর জমির সেচ কার্যক্রম বন্ধ হওয়ার মুখে পড়েছে। এছাড়া শ্রীপুর ও মহম্মদপুর উপজেলার ওপর দিয়ে প্রবাহিত মধুমতি ও গড়াই নদী এখন মৃতপ্রায়। অপরদিকে মহম্মদপুর,শালিখা উপজেলা হয়ে মাগুরা জেলা শহরের উপর দিয়ে প্রবাহিত নবগঙ্গা নদীতে পলি পড়ে পরিণত হয়েছে জীর্ণ-শীর্ণ খালে। এ নদীর বুকে চলছে মাইলের পর মাইল ধান চাষ। নবগঙ্গার মত একই অবস্থা শালিখা উপজেলার উপর দিয়ে প্রবাহিত ফটকি ও চিত্রা নদীর। নদীগুলোর জেগে ওঠা চর দখল করে কিছু লোক ধানের চাষ করে থাকে। মাছ না থাকায় প্রায় ১০ হাজার মত্সজীবী পরিবার বেকার হয়ে পড়েছে।
