চলনবিলে দেশি মাছের উত্পাদন কমে যাচ্ছে। ইতিমধ্যেই বিলুপ্ত হয়েছে ৩৩ প্রজাতির দেশীয় মাছ। কমে যাচ্ছে বিলের আয়তনও।
অপরিকল্পিতভাবে বন্যা নিয়ন্ত্রক বাঁধ নির্মাণ, খাল খনন, পানির স্তর নিচে নেমে যাওয়া, অতিমাত্রায় কীটনাশকের ব্যবহার, অবৈধ উপায়ে মত্স্য আহরণ ও বিলে পানির গভীরতা কমে যাওয়ায় এই অবস্থার সৃষ্টি হয়েছে।
সিরাজগঞ্জ, নাটোর, পাবনা, ফরিদপুর, নওগাঁ, রাজশাহী ও বগুড়ার কিছু কিছু অংশ নিয়ে বিস্তৃত এ বিলটির আয়তন ছিল প্রায় ৭৩, ৫০০ হেক্টর। কিন্তু বর্তমানে বিলের আয়তন এসে দাঁড়িয়েছে ২৭ হাজার হেক্টর। উচ্চফলনশীল ফসল উত্পাদনের জন্য আশির দশকে বিলের প্রায় সাত হাজার যন্ত্রচালিত নলকূপ বসানো হয়। এর ফলে পানির স্তর নিচে নেমে গেছে। এছাড়াও ফসলী জমিতে রাসায়নিক সার ও কীটনাশকের মাত্রাতিরিক্ত ব্যবহারের ফলে ক্ষতিগ্রস্ত হচ্ছে দেশি প্রজাতির মাছ। স্থানীয় মত্স্য অফিসের কর্মকর্তারা বলছেন, জলাশয়ের দশ শতাংশ অভয়াশ্রম হিসেবে ব্যবহার করলে মাছের উত্পাদন বাড়বে।
