জেলার বিভিন্ন নদ-নদীতে পানি প্রবাহ হ্রাস এবং অব্যাহত চর পড়ায় স্বাভাবিক নৌ চলাচল ও সেচকার্য ব্যাহত হচ্ছে। খোয়াই, করাঙ্গী, সুতাং, সোনাই, ভেড়ামোহনা, শুটকী, রত্না, বিজনা, কুশিয়ারা নদীর পানির স্বাভাবিক প্রবাহ না থাকায় মালবাহী নৌকা ও লঞ্চ চলাচলে সমস্যা সৃষ্টি হয়েছে। ভারতের ত্রিপুরা পাহাড় থেকে বয়ে আসা খরস্রোতা খোয়াই নদীর পানির সাথে প্রচুর পলিমাটি আসায় নদীর গভীরতা পূর্বের ২০ ফুটের স্থলে বর্তমান ১১ হতে ১৪ ফুটে দাঁড়িয়েছে। ১৫০ ফুট প্রশস্ত এই নদীতে স্বাভাবিক পানি প্রবাহ ৫ হাজার হতে ৮ হাজার কিউসেক। বর্ষাকালে তা দ্বিগুণ এবং শীতকালে ১০০ কিউসেকে দাঁড়ায়।
নদীর উজানে ভারতের খোয়াই মহকুমার চাকমাঘাট নামক স্থানে নির্মিত বাঁধের মাধ্যমে খোয়াই নদীর পানি প্রবাহ নিয়ন্ত্রণ করার ফলে নদীতে পানির প্রবাহ অস্বাভাবিকভাবে কমে গেছে। একই কারণে আরো কয়েকটি নদীতে শুষ্ক মৌসুমে পানির প্রবাহ মারাত্মকভাবে হ্রাস পেয়েছে। ফলে জেলার ভাটি অঞ্চলে নৌ চলাচল ব্যাহত হওয়া ছাড়াও বোরো ধান চাষাবাদে বিঘ্ন সৃষ্টি হয়েছে।
