স্বাস্থ্য অধিদফতরের প্রধান কাজ স্বাস্থ্য সেবা নিশ্চিতকরণ, স্বাস্থ্য ব্যবস্থাপনা, কর্মপরিকল্পনা এবং প্রশাসনিকভাবে বিভিন্ন নীতি কার্যকর করা। এ ছাড়া স্বাস্থ্য অধিদফতর প্রয়োজনে মন্ত্রণালয়কে স্বাস্থ্য সেবা সম্পর্কিত দিক নির্দেশনা প্রণয়নে কারিগরি সহযোগিতাও প্রদান করে থাকে।